Record Details

ACUTE ENTERIC INFECTIONS POLYMERASE CHAIN REACTION ASSAY IN PEDIATRIC PRACTICE: OPPORTUNITIES AND CHALLENGES

Medical Immunology

View Archive Info
 
 
Field Value
 
Title ACUTE ENTERIC INFECTIONS POLYMERASE CHAIN REACTION ASSAY IN PEDIATRIC PRACTICE: OPPORTUNITIES AND CHALLENGES
ПОЛИМЕРАЗНАЯ ЦЕПНАЯ РЕАКЦИЯ В ДИАГНОСТИКЕ ОСТРЫХ КИШЕЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ В ДЕТСКОМ ИНФЕКЦИОННОМ СТАЦИОНАРЕ: ВОЗМОЖНОСТИ И ПРОБЛЕМЫ
 
Creator E. Sokolova D.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
A. Galtaeva M.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
O. Zamurei U.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
O. Didichenko V.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
U. Sokolova V.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
V. Muratova A.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
O. Ligorova U.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
I. Zhuravleva N.; St. Petersburg Children’s Municipal Clinical Hospital named after N.F. Filatov, St. Petersburg, Russian Federation
M. Makarova A.; St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation
L. Kaftyreva A.; St. Petersburg Pasteur Institute, St. Petersburg, Russian Federation
Е. Соколова Д.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
А. Галтаева М.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
О. Замурий Ю.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
О. Дидиченко В.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
Ю. Соколова В.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
В. Муратова А.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
О. Лигорова Ю.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
И. Журавлева Н.; Детская городская клиническая больница № 5 им. Н.Ф. Филатова, Санкт-Петербург, Россия
М. Макарова А.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия
Л. Кафтырева А.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург, Россия
 
Subject enteric infections;PCR diagnostics;enteropatogens;Rotavirus;Norovirus;Salmonella spp.;E. coli;Campylobacter spp.;Yersinia
острые кишечные инфекции;ПЦР-диагностика;энтеропатогены;Rotavirus;Norovirus;Salmonella spp.;E. coli;Campylobacter spp.;Yersinia
 
Description The aim of the study is estimate the opportunities of local multi-prime PCR reagents kits in children enteric infections etiological diagnostics amongst the patients with diarrhoea vs traditional bacteriological methods. We used 4 kits of reagents that provide multiple pathogens simultaneous indication in one sample: 1) Rotavirus, Norovirus, Astrovirus; 2) Shigella spp./EIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp.; 3) Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis; 4) E. coli: EIEC (enteroinvasive), EPEC (enteropathogenic), ETEC (enterotoxigenic), EHEC (enterohaemorrhagic), EAgEC (enteroaggregative). It has been shown that the viral intestinal infections is increased by 14%, bacterial — in 2,5 times. PCR diagnostics identified in 62% of patients the viral gastroenteritis: Rotavirus (52%), Norovirus (9%), Astrovirus (1%). Detected bacterial pathogens PCR markers number proved up to 2.5 times high than according to bacteriological examination. The spectrum of bacterial agents increased due to E. coli and Y. enterocolitica. PCR diagnostics increased detection of Campylobacter up to 2 times. Detected E. coli DNA prevalence: EPEC — 66%, EAgEC, ETEC and EHEC were 31%, 9% and 4%, respectively. DNA Campylobacter spp. and E. coli constituted 2/3 of all findings: Campylobacter spp. (41%), E. coli (24%), Salmonella spp. (19%), Yersinia spp. (11%), Shigella spp./EIEC (5%). The positive results of bacteriological and serological methods duplicate the positive results of PCR diagnostics. In general, the positive results of PCR diagnosis of bacterial pathogens were detected in 46.35% of the examined patients. In 48.4% of patients identified PCR markers viral — bacterial infection, in 5.25% — of bacterial associations, in 11% of them were found the DNA 2–3 bacterial pathogens. The study was shown in children in St. Petersburg in 2012–2014 dominated rotavirus infection, campylobacteriosis and escherichiosis. The prevalence of viral-bacterial confections is more than 50% of all diagnosed cases.
Изучена этиологическая структура острых кишечных инфекций у детей, госпитализированных с диареей в детский инфекционный стационар, с целью оценки возможностей совершенствования этиологической расшифровки заболеваний при дополнении традиционных бактериологических методов ПЦР-диагностикой с применением отечественных мульти-прайм ПЦР-реагентов. Использовали 4 набора реагентов, обеспечивающих одновременную индикацию нескольких патогенов в одной пробе: 1) Rotavirus, Norovirus, Astrovirus; 2) Shigella spp./EIEC, Salmonella spp., Campylobacter spp.; 3) Yersinia enterocolitica и Yersinia pseudotuberculosis; 4) Escherichia coli: EIEC (энтероинвазивные), EPEC (энтеропатогенные), ETEC (энтеротоксигенные), EHEC (энтерогеморрагические), EAgEC (энтероаггрегативные). Показано, что этиологическая диагностика вирусных диарей увеличивается на 14%, бактериальных – в 2,5 раза. ПЦР-диагностика выявила у 62% пациентов вирусную природу гастроэнтеритов: Rotavirus (52%), Norovirus (9%), Astrovirus (1%). Количество выявленных ПЦР-маркеров бактериальных возбудителей ОКИ оказалось в 2,5 раза больше, чем по данным бактериологического исследования. Спектр выявляемых бактериальных агентов увеличился за счет E. coli и Y. enterocolitica. ПЦР-диагностика в 2 раза повысила выявляемость Campylobacter spp. и оказалась единственно эффективным методом детекции ДНК E. сoli в пробах испражнений: доминировали EPEC — 66%, EAgEC, ETEC и EHEC составили 31, 9 и 4% соответственно, которые не могли быть идентифицированы при бактериологическом исследовании. ДНК Campylobacter spp. и E. coli в сумме составляли 2/3 находок среди бактериальных возбудителей: Campylobacter spp. (41%), E. coli (24%), Salmonella spp. (19%), Yersinia spp. (11%), Shigella spp./EIEC (5%). Положительные результаты бактериологического посева проб испражнений и серологического исследования крови в РНГА дублировали положительные результаты ПЦР-диагностики. В целом, положительные результаты ПЦР-диагностики бактериальных патогенов установлены у 46,35% обследованных пациентов. У 53,65% пациентов выявлены ПЦР-маркеры ОКИ смешанной этиологии, в основном вирусно-бактериальной, из них в 48,4% случаях выявлены 19 различных вариантов ассоциаций. 12 вариантов бактериальных ассоциаций обнаружены в 5,25%, из них у 11% обнаружены ДНК 2–3 возбудителей бактериальных ОКИ. Проведенное исследование расширило наши представления об этиологии ОКИ у детей в Санкт-Петербурге в 2012–2014 гг.: доминировала ротавирусная инфекция, кампилобактериоз и эшерихиозы. Детекция ПЦР-маркеров нескольких возбудителей, особенно вирусно-бактериальных, превышала 50% всех диагностированных случаев ОКИ.
 
Publisher Publishing house of Saint Petersburg Pasteur Institute
 
Contributor —
—
 
Date 2016-09-22
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
—
—
 
Format application/pdf
 
Identifier http://iimmun.ru/iimm/article/view/422
10.15789/2220-7619-2016-3-225-231
 
Source Russian Journal of Infection and Immunity; Том 6, № 3 (2016); 225-231
Инфекция и иммунитет; Том 6, № 3 (2016); 225-231
2313-7398
2220-7619
10.15789/2220-7619-2016-3
 
Language rus
 
Relation http://iimmun.ru/iimm/article/view/422/292
 
Rights Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).