METHOD OF CONSTRUCTION OF GENETIC DATA CLUSTERS
Informatics
View Archive Info| Field | Value | |
| Title |
METHOD OF CONSTRUCTION OF GENETIC DATA CLUSTERS
МЕТОД ПОСТРОЕНИЯ КЛАСТЕРОВ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ДАННЫХ |
|
| Creator |
N. Novoselova A.
I. Tom E. Н. Новоселова А.; Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси И. Том Э.; Объединенный институт проблем информатики НАН Беларуси |
|
| Subject |
—
— |
|
| Description |
The paper presents a method of construction of genetic data clusters (functional modules) using the randomized matrices. To build the functional modules the selection and analysis of the eigenvalues of the gene profiles correlation matrix is performed. The principal components, corresponding to the eigenvalues, which are significantly different from those obtained for the randomly generated correlation matrix, are used for the analysis. Each selected principal component forms gene cluster. In a comparative experiment with the analogs the proposed method shows the advantage in allocating statistically significant different-sized clusters, the ability to filter non- informative genes and to extract the biologically interpretable functional modules matching the real data structure.
Предлагается метод построения кластеров (функциональных модулей) генетических данных, основанный на использовании рандомизированных матриц. Для построения кластеров выполняется выделение и анализ главных компонент матрицы корреляций генных профилей. В качестве конечных выбираются главные компоненты, которые соответствуют собственным значениям, значимо отличающимся от полученных при анализе случайным образом сгенерированной корреляционной матрицы (рандомизированной). В сравнительном вычислительном эксперименте с аналогами метод показал свое преимущество в возможности выделять статистически значимые кластеры малых и больших размеров, способности отфильтровывать неинформативные признаки, а также получать биологически интерпретируемые функциональные модули, адекватные реальной структуре данных. |
|
| Publisher |
UIIP NASB
|
|
| Contributor |
—
— |
|
| Date |
2016-10-03
|
|
| Type |
info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion — — |
|
| Format |
application/pdf
|
|
| Identifier |
http://inf.grid.by/jour/article/view/125
|
|
| Source |
Informatics; № 1 (2016); 64-74
Информатика; № 1 (2016); 64-74 1816-0301 |
|
| Language |
rus
|
|
| Relation |
http://inf.grid.by/jour/article/view/125/127
|
|
| Rights |
Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
|