Record Details

PECULIARITIES OF MOLECULAR-GENETIC STRUCTURE OF PHAGE PF-10

Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus

View Archive Info
 
 
Field Value
 
Title PECULIARITIES OF MOLECULAR-GENETIC STRUCTURE OF PHAGE PF-10
ОСОБЕННОСТИ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ФАГА РF-10
 
Creator T. Pilipchuk A.; Institute of Microbiology of the National Academy of Sciences of Belarus
L. Valentovich N.; Institute of Microbiology of the National Academy of Sciences of Belarus
M. Titok A.; Institute of Microbiology of the National Academy of Sciences of Belarus
E. Kolomiets I.; Institute of Microbiology of the National Academy of Sciences of Belarus
Т. Пилипчук А.; Институт микробиологии НАН Беларуси
Л. Валентович Н.; Институт микробиологии НАН Беларуси
М. Титок А.; Институт микробиологии НАН Беларуси
Э. Коломиец И.; Институт микробиологии НАН Беларуси
 
Subject open reading frame;genome;bacteriophage;Pseudomonas
открытая рамка считывания;геном;бактериофаг;Pseudomonas
 
Description The analysis of a full nucleotide sequence of bacteriophage Pf-10 as a key constituent of biopesticide “Multiphage” has revealed that its unique genome is composed of a DNA fragment of broad range host phage Phi-S1, where the determinants governing the synthesis of early proteins are localized, and of the DNA fragment of narrow range host phage phiIBB-PF7A containing the genes responsible for the synthesis of late proteins. Low homology of individual genetic determinants and encoded amino acid sequences (namely, the genes determining the synthesis of tail proteins) with those of phages Phi-S1 or phiIBB-PF7A evidences the mutations that emerge in the course of the phage Pf-10 genome formation and are capable to affect its vital important functions.
В результате анализа полной нуклеотидной последовательности бактериофага Pf-10, входящего в состав биопестицида «Мультифаг», установлено, что его геном является уникальным и состоит из фрагмента ДНК фага широкого круга хозяев Phi-S1, в пределах которого локализованы детерминанты, определяющие синтез ранних белков,и фрагмента ДНК фага узкого круга хозяев phiIBB-PF7A, содержащего гены, детерминирующие синтез поздних белков.Низкая гомология отдельных генетических детерминант и кодируемых ими аминокислотных последовательностей (в частности, генов, определяющих синтез белков отростка) с таковыми фагов � Phi-S1 или phiIBB-PF7A свиде-Phi-свиде--S1 свидетельствует о мутационных изменениях, возникших в процессе становления фагового генома Pf-10 и способных повлиять на его жизненно важные функции.
 
Publisher The Republican Unitary Enterprise Publishing House "Belaruskaya Navuka"
 
Contributor —
—
 
Date 2017-03-02
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
—
—
 
Format application/pdf
 
Identifier http://doklady.belnauka.by/jour/article/view/393
 
Source Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus; Том 61, № 1 (2017); 78-84
Доклады Национальной академии наук Беларуси; Том 61, № 1 (2017); 78-84
0002-354X
 
Language rus
 
Relation http://doklady.belnauka.by/jour/article/view/393/394
Labrie, S. J. Bacteriophage resistance mechanisms / S. J. Labrie, J. E. Samson, S. Moineau // Nat. Rev. Microbiol. – 2010. – Vol. 8, N 5. – P. 317–327. doi.org/10.1038/nrmicro2315.
Bolger, A. M. Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data / A. M. Bolger, M. Lohse, B. Usadel // Bioinformatics. – 2014. – Vol. 30, N 15 – P. 2114–2120. doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170.
SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing / A. Bankevich [et al.] // J. Comput. Biol. – 2012. – Vol. 19, N 5. – P. 455–477. doi.org/10.1089/cmb.2012.0021.
Lavigne, R. PHIRE, a deterministic approach to reveal regulatory elements in bacteriophage genomes / R. Lavigne, W. D. Sun, G. Volckaert // Bioinformatics. – 2004. – Vol. 20, N 5. – P. 629–635. doi.org/10.1093/bioinformatics/btg456.
Solovyev, V. Automatic Annotation of Microbial Genomes and Metagenomic Sequences / V. Solovyev, A. Salamov // Metagenomics and its Applications in Agriculture, Biomedicine and Environmental Studies / ed. R. W. Li. – NY: Nova Science Publishers, 2011. – P. 61–78.
ARNold, finding terminators at IGM – Web Server [Electronic resource]. – Mode of access: http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/. – Date of access: 09.11.2016.
Николайчик, Е. А. SQ-компьютерная программа для редактирования и анализа биологических последовательностей / Е. А. Николайчик, Л. Н. Валентович // Тр. Белорус. гос. ун-та. Физиол., биохим. и молекулярные основы функционирования биосистем. – 2010. – Т. 5, № 1. – С. 154–162.
WebLogo: a sequence logo generator / G. E. Crooks [et al.] // Genome Res. – 2004. – Vol. 14, N 6. – P. 1188–1190. doi.org/10.1101/gr.849004.
Биопестицид «Мультифаг» на основе фагов фитопатогенных бактерий Pseudomonas syringae и Pseudomonas fluorescens для использования в сельском хозяйстве в качестве средства борьбы с болезнями растений / Т. А. Пилипчук [и др.] // Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты. – 2015. – Т. 7. – С. 197–219.
Bacteriophages and their implications on future biotechnology: a review / I. U. Haq [et al.] // Virol. J. – 2012. – Vol. 9, iss. 1. – P. 9. doi.org/10.1186/1743-422x-9-9.
Complete genome sequence analysis of two Pseudomonas plecoglossicida phages, potential therapeutic agents /Y. Kawato [et al.] // Appl. Environ. Microbiol. – 2015. – Vol. 81, N 3. – P. 874–881. doi.org/10.1128/aem.03038-14.
Kelln, R. A. Isolation and properties of a bacteriophage lytic for a wide range of pseudomonads / R. A. Kelln, R. A. J. Warren // Can. J. Microbiol. – 1971. – Vol. 17, N 5 – P. 677–682. doi.org/10.1139/m71-109.
Complete genome sequence of the lytic Pseudomonas fluorescens phage fIBB-PF7A / S. Sillankorva [et al.] // Virol. J. – 2011. – Vol. 8, iss. 1. – P. 142. doi.org/10.1186/1743-422x-8-142.
Sillankorva, S. Genome Sequence of the Broad-Host-Range Pseudomonas Phage Φ-S1 / S. Sillankorva, A. M. Kropinski, J. Azeredo // J. Virol. – 2012. – Vol. 86, N 18. – P. 10239. doi.org/10.1128/jvi.01605-12.
Casjens, S. R. Short Noncontractile Tail Machines: Adsorption and DNA Delivery by Podoviruses / S. R. Casjens, I. J. Molineux // Advances in Experimental Medicine and Biology. – 2011. – Vol. 726. – P. 143–179. doi.org/10.1007/978-1-4614-0980-9_�7.
 
Rights Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).