Record Details

CHARACTERIZATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS (A 15-YEAR SURVEY IN LENINGRAD REGION, RUSSIA)

Medical Immunology

View Archive Info
 
 
Field Value
 
Title CHARACTERIZATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS (A 15-YEAR SURVEY IN LENINGRAD REGION, RUSSIA)
ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (ПО МАТЕРИАЛАМ 15-ЛЕТНЕГО НАБЛЮДЕНИЯ В ЛЕНИНГРАДСКОЙ ОБЛАСТИ)
 
Creator A. Vyazovaya A.; St. Petersburg Pasteur Institute
V. Vetrov V.; St. Petersburg Pasteur Institute
L. Lyalina V.; St. Petersburg Pasteur Institute
I. Mokrousov V.; St. Petersburg Pasteur Institute
N. Solovieva S.; Research Institute of Phthisiopulmonology
V. Zhuravlev Yu.; Research Institute of Phthisiopulmonology
B. Vishnevskiy I.; Research Institute of Phthisiopulmonology
O. Narvskaya V.; St. Petersburg Pasteur Institute

Research Institute of Phthisiopulmonology
А. Вязовая А.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
В. Ветров В.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
Л. Лялина В.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
И. Мокроусов В.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера
Н. Соловьева С.; ФГБУ НИИ фтизиопульмонологии Минздрава России
В. Журавлев Ю.; ФГБУ НИИ фтизиопульмонологии Минздрава России
Б. Вишневский И.; ФГБУ НИИ фтизиопульмонологии Минздрава России
О. Нарвская В.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера

ФГБУ НИИ фтизиопульмонологии Минздрава России
 
Subject Mycobacterium tuberculosis; multidrug-resistant; extensively drug-resistant; spoligotyping; Beijing genotype; MIRU-VNTR.
Mycobacterium tuberculosis;множественная лекарственная устойчивость;широкая лекарственная устойчивость;сполиготипирование;генотип Beijing;MIRU-VNTR.
 
Description In the late 90-ies of XX century in Russia there was an exacerbation of the epidemic situation of tuberculosis (TB) and “explosive” increase in pathogen drug resistances. Regardless of lower incidence of pulmonary TB in recent years, the number of cases caused by multidrug-resistant (MDR) mycobacteria was increasing due to a reduction in the effectiveness of treatment. Among the 11 subjects of the North-West Federal District the Leningrad Region is leading in the number of ineffective chemotherapy outcomes in newly diagnosed bacteriologically confirmed TB cases. A specific feature of the current epidemic situation in the Leningrad Region is the prevalence (74.1% in 2014) of MDR strains among previously treated patients with pulmonary TB. The aim of the research was a comparative genotypic characterization of Mycobacterium tuberculosis strains, isolated from patients with chronic pulmonary tuberculosis in the Leningrad Region in 1999–2004 and 2010–2014. As defined by spoligotyping, the Beijing family genotype was prevailing among M. tuberculosis strains of previously treated patients from Leningrad region (76.5% in 2010–2014 versus 56.3% in 1999–2004). The proportion of other genotypes strains — LAM and T decreased from 16.7 and 12.5% to 10.3 and 2.9%, respectively. The proportion of multi-drug resistance in the studied subpopulations of the Beijing genotype strains remained virtually constant (86.5 and 88.9%). The extensive drug resistance was not observed among MDR Beijing strains in 1999–2004, whereas in 2010–2014 it reached 33.3%. MIRU-VNTR-typing (12 loci) of 68 M. tuberculosis strains revealed 20 profiles; of these, five were presented by clusters MIT1, MIT46, MIT16, MIT17, MIT571, comprising two or more strains. The largest clusters MIT16 (223325153533) and MIT17 (223325173533) included 25 (48.1%) and 21 (40.4%) apparently highly transmissible Beijing genotype strains. Previously, clinical significance and mainly epidemic pathways for MDR M. tuberculosis Beijing strains belonging to these MIRU-VNTR-types were proved in a number of Russian regions. These findings require in-depth analysis of the situation in the region studied.
В конце 90-х гг. XX в. в России наблюдалось обострение эпидемической ситуация по туберкулезу и «взрывной» рост лекарственной устойчивости возбудителя. В последние годы на фоне снижения заболеваемости туберкулезом легких растет число случаев, вызванных микобактериями с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ), что приводит к снижению эффективности лечения. Среди 11 субъектов Северо-Западного федерального округа Ленинградская область лидирует по числу неэффективных курсов химиотерапии у впервые выявленных бактериовыделителей. Особенностью эпидемической ситуации по туберкулезу в Ленинградской области является превалирование (74,1% в 2014 г.) МЛУ штаммов возбудителя у ранее леченных больных туберкулезом легких. Цель исследования — сравнительная генотипическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных хроническим туберкулезом легких в Ленинградской области в 1999–2004 и 2010–2014 гг. По результатам сполиготипирования, среди штаммов M. tuberculosis ранее леченных больных Ленинградской области преобладали представители генетического семейства Beijing (сполиготипы SIT1 и SIT190), причем их доля возросла с 56,3% (27 из 48) в 1999–2004 гг. до 76,5% (52 из 68) в 2010–2014 гг. Доля штаммов других генотипов — LAM и T — сократилась с 16,7 и 12,5% до 10,3 и 2,9% соответственно. Удельный вес МЛУ в изученных субпопуляциях генотипа Beijing был практически неизменным (88,9 и 86,5%). Среди МЛУ штаммов Beijing в 1999–2004 гг. широкая лекарственная устойчивость (ШЛУ) не встречалась, тогда как в 2010–2014 гг. доля ШЛУ достигла 33,3%. MIRU-VNTR-типирование (12 локусов) 68 штаммов M. tuberculosis выявило 20 вариантов профилей, из них пять представлены кластерами MIT1, MIT46, MIT16, MIT17, MIT571, включавшими два и более штамма. Наиболее крупные кластеры MIT16 (223325153533) и MIT17 (223325173533) включали 25 (48,1%) и 21 (40,4%) штамм генотипа Beijing. При этом ранее установлена клиническая значимость и преимущественно эпидемический путь распространения МЛУ штаммов M. tuberculosis генотипа Beijing, принадлежащих к данным MIRU-VNTR-типам, в ряде регионов России, что требует углубленного анализа ситуации в Ленинградской области.
 
Publisher Publishing house of Saint Petersburg Pasteur Institute
 
Contributor —
—
 
Date 2017-03-28
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
—
—
 
Format application/pdf
 
Identifier http://iimmun.ru/iimm/article/view/477
10.15789/2220-7619-2017-1-34-40
 
Source Russian Journal of Infection and Immunity; Том 7, № 1 (2017); 34-40
Инфекция и иммунитет; Том 7, № 1 (2017); 34-40
2313-7398
2220-7619
10.15789/2220-7619-2017-1
 
Language rus
 
Relation http://iimmun.ru/iimm/article/view/477/315
Габбасова Л.А., Касаева Т.Ч., Стерликов С.А., Нечаева О.Б., Обухова О.В., Одинцов В.Е., Чебагина Т.Ю. Отраслевые и экономические показатели противотуберкулезной работы в 2009–2014 гг. Методика расчета показателей и статистические материалы по результатам пятилетнего наблюдения. М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2015. 68 с. [Gabbasova L.A., Kasayeva T.C., Sterlikov S.A., Nechayev O.B., Obukhov O.V., Odintsov V.E., Chebagina T.Y. Otraslevye i ekonomicheskie pokazateli protivotuberkuleznoi raboty v 2009–2014 gg. Metodika rascheta pokazatelei i statisticheskie materialy po rezul’tatam pyatiletnego nablyudeniya [Industry and economic indicators of antituberculosis activities in 2009–2014. The methodology of calculation of indicators and statistical data based on results of the five-year surveillance]. Moscow: FPHI RIO, 2015. 68 p.]
Маркелов Ю.М., Нарвская О.В. Циркуляция штаммов возбудителя туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью на территории Республики Карелия // Туберкулез и болезни легких. 2010. № 2. С. 54–56. [Markelov Yu.M., Narvskaya O.V. Circulation of multidrug-resistant tuberculosis pathogen strains in the Republic of Karelia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2010, no. 2, pp. 54–56. (In Russ.)]
Огарков О.Б., Медведева Т.В., Zozio T., Погорелов В.И., Некипелов О.М., Гутникова М.Ю., Купцевич Н.Ю., Ушаков И.В., Sola C. Молекулярное типирование штаммов микобактерий туберкулеза в Иркутской области (Восточная Сибирь) в 2000–2005 гг. // Молекулярная медицина. 2007. № 2. С. 33–38. [Ogarkov О.В., Medvedeva T.V., Zozio Т., Pogorelov V.I., Nekipelov O.M., Gutnikova M.Yu., Kuptsevich N.Yu., Ushakov I.V., Sola С. Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis strains in the Irkutsk Region (Eastern Siberia) in 2000–2005. Molekulyarnaya meditsina = Molecular Medicine, 2007, no. 2, pp. 33–38. (In Russ.)]
Умпелева Т.В., Вязовая А.А., Еремеева Н.И., Кравченко М.А., Нарвская О.В., Скорняков С.Н. Генетические особенности возбудителя туберкулеза в Уральском федеральном округе России // Туберкулез и болезни легких. 2016. Т. 94, № 8. C. 60–65. [Umpeleva T.V., Vyazovaya A.A., Eremeeva N.I., Kravchenko M.A., Narvskaya O.V., Skorniakov S.N. Specific genetic features of Mycobacterium tuberculosis in Ural Federal District of Russia. Tuberkulez i bolezni legkih = Tuberculosis and Lung Diseases, 2016, vol. 94, no. 8, pp. 60–65. (In Russ.)]
Яблонский П.К., Вишневский Б.И., Соловьева Н.С., Маничева О.А., Догонадзе М.З., Мельникова Н.Н., Журавлев В.Ю. Лекарственная устойчивость Mycobacterium tuberculosis при различных локализациях заболевания // Инфекция и иммунитет. 2016. Т. 6, № 2. С. 133–140. [Yablonskii P.K., Vishnevskiy B.I., Solovyeva N.S., Manicheva O.A., Dogonadze M.Z., Melnikova N.N., Zhuravlev V.Yu. Drug resistance of Mycobacterium tuberculosis in different localizations of the disease. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity. 2016, vol. 6, no. 2, pp. 133–140. doi: 10.15789/2220- 7619-2016-2-133-140 (In Russ.)]
Drobniewski F., Balabanova Y., Nikolayevsky V., Ruddy M., Kuznetzov S., Zakharova S., Melentyev A., Fedorin I. Drug-resistant tuberculosis, clinical virulence, and the dominance of the Beijing strain family in Russia. JAMA, 2005, vol. 293, no. 22, pp. 2726–2731.
Gibson A., Huard R., Gey van Pittius N., Lazzarini L., Driscoll J., Kurepina N., Zozio T., Sola C., Spindola S., Kritski A., Fitzgerald D., Kremer K., Mardassi H., Chitale P., Brinkworth J., Garcia de Viedma D., Gicquel B., Pape J., Van Soolingen D., Kreiswirth B., Warren R., Van Helden P., Rastogi N., Suffys P., Lapa e Silva J., Ho J. Application of sensitive and specific molecular methods to uncover global dissemination of the major RDRio Sublineage of the Latin American-Mediterranean Mycobacterium tuberculosis spoligotype family. J. Clin. Microbiol., 2008, vol. 46, no. 4, pp. 1259–1267.
Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A., Van Agterveld M., Van Soolingen D., Kuijper S., Bunschoten A., Molhuizen H., Shaw R., Goyal M., Van Embden J. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology. J. Clin. Microbiol., 1997, vol. 35, no. 4, pp. 907–914.
Mokrousov I. Genetic geography of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: a multifacet mirror of human history? Infect. Genet. Evol., 2008, vol. 8, no. 6, pp. 777–785. doi: 10.1016/j.meegid.2008.07.003
Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen’s pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015, no. 95 (suppl.), pp. S167–176.
Mokrousov I., Vyazovaya A., Otten T., Zhuravlev V., Pavlova E., Tarashkevich L., Krishevich V., Vishnevsky B., Narvskaya O. Mycobacterium tuberculosis population in northwestern Russia: an update from Russian-EU/Latvian border region. PLoS One. 2012, vol. 7, no. 7:e41318. doi: 10.1371/journal.pone.0041318.
Mokrousov I., Vyazovaya A., Solovieva N., Sunchalina T., Markelov Y., Chernyaeva E., Melnikova N., Dogonadze M., Starkova D., Vasilieva N.,Gerasimova A., Kononenko Y., Zhuravlev V., Narvskaya O. Trends in molecular epidemiology of drug-resistant tuberculosis in Republic of Karelia, Russian Federation. BMC Microbiol., 2015, no. 15: 279. doi: 10.1186/s12866-015-0613-3
Supply P., Allix C., Lesjean S., Cardoso-Oelemann M., Rüsch-Gerdes S., Willery E., Savine E., De Haas P., Van Deutekom H., Roring S., Bifani P., Kurepina N., Kreiswirth B., Sola C., Rastogi N., Vatin V., Gutierrez M.C., Fauville M., Niemann S., Skuce R., Kremer K., Locht C., Van Soolingen D. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unitvariable- number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, no. 12, pp. 4498–4510.
Van Embden J., Cave M., Crawford J., Dale J., Eisenach K., Gicquel B., Hermans P., Martin C., McAdam R., Shinnick T., Small P. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized metho dology. J. Clin. Microbiol., 1993, no. 31, pp. 406–409.
Vyazovaya A., Mokrousov I., Solovieva N., Mushkin A., Manicheva O., Vishnevsky B., Zhuravlev V., Narvskaya O. Tuberculous spondylitis in Russia and prominent role of multidrug-resistant clone Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148. Antimicrob. Agents Chemother., 2015, vol. 59, no. 4, pp. 2349–2357.
 
Rights Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).