Record Details

STUDY OF THE TRANSMEMBRANE PROTEIN CD79B BY MULTIDIMENSIONAL PULSE NMR SPECTROSCOPY

Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus

View Archive Info
 
 
Field Value
 
Title STUDY OF THE TRANSMEMBRANE PROTEIN CD79B BY MULTIDIMENSIONAL PULSE NMR SPECTROSCOPY
ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСМЕМБРАННОГО БЕЛКА CD79B МЕТОДОМ МНОГОМЕРНОЙ ИМПУЛЬСНОЙ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ
 
Creator E. Pankratova V.; Institute of Bioorganic Chemistry of the National Academy of Sciences of Belarus, Minsk
V. Britikov V.; Institute of Bioorganic Chemistry of the National Academy of Sciences of Belarus, Minsk
S. Usanov A.; Institute of Bioorganic Chemistry of the National Academy of Sciences of Belarus, Minsk
Е. Панкратова В.; Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
В. Бритиков В.; Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
С. Усанов А.; Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
 
Subject the disordered proteins; auxiliary heterodimeric protein of the B-cell receptor CD79A/CD79B; the cell-free protein expression system; the spatial structure of a protein; protein NMR spectroscopy
неупорядоченные белки; вспомогательный белковый гетеродимер b-клеточного рецептора CD79A/CD79B; система бесклеточной экспрессии белков; пространственная структура белка; ЯМР спектроскопия белков
 
Description In the present work, using the cell-free expression system, we prepared the proteins CD79A/CD79B labeled by stable isotopes of carbon-13 and nitrogen-15. It is shown that target proteins are mostly localized in the pellet of the cell-free expression system, which is consistent with their membrane nature and the presence of a transmembrane domain in their structure. Physicochemical parameters of the CD79A/CD79B samples were defined to obtain the multidimensional correlation NMR spectra of high resolution. The analysis of the obtained correlation spectra shows that under experimental conditions, CD79B exists in the disordered state. The splitting of the signal from the NH-group of the side chain of single tryptophan residue indicates the presence of slow conformational transitions in this region of the polypeptide chain. The addition of the trifluoroacetic acid to the solution of CD79B in DMSO leads to the destruction of the intermolecular bonds of “protein micelles” and the formation of its monomeric form that is well detectable by NMR. 
В настоящей работе с использованием системы бесклеточной экспрессии получены меченые стабильными изотопами углерода-13 и азота-15 белки CD79A/CD79B. Установлено, что целевые белки обнаруживаются в осадке бесклеточной системы экспрессии, что согласуется с их мембранной природой и наличием трансмембранного домена в их составе. Определены физико-химические параметры образцов CD79A/CD79B с целью получения многомерных корреляционных ЯМР спектров высокого разрешения. Анализ полученных корреляционных спектров свидетельствует, что CD79B при выбранных условиях находится в неупорядоченном состоянии. Расщепление сигнала от NH- группы боковой цепи единственного остатка триптофана указывает на наличие медленных конформационных превращений в этой области полипептидной цепи. Добавление трифторуксусной кислоты к раствору CD79B в диметил- сульфоксиде приводит к разрушению межмолекулярных связей «белковой мицеллы» и образованию его мономерной формы, хорошо детектируемой ЯМР спектроскопией. 
 
Publisher The Republican Unitary Enterprise Publishing House "Belaruskaya Navuka"
 
Contributor —
—
 
Date 2017-04-29
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
—
—
 
Format application/pdf
 
Identifier http://doklady.belnauka.by/jour/article/view/405
 
Source Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus; Том 61, № 2 (2017); 39-50
Доклады Национальной академии наук Беларуси; Том 61, № 2 (2017); 39-50
0002-354X
 
Language rus
 
Relation http://doklady.belnauka.by/jour/article/view/405/406
Amino–acid-type selective isotope labeling of proteins expressed in Baculovirus-infected insect cells useful for NMR studies / A. Strauss [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. – 2003. – Vol. 26, N 4. – P. 367–372. doi.org/10.1023/a:1024013111478.
Uversky, V. N. Natively unfolded proteins: a point where biology waits for physics / V. N. Uversky // Protein science. – 2002. – Vol. 11, N 4. – P. 739–756. doi.org/10.1110/ps.4210102.
Protein disorder and the evolution of molecular recognition: theory, predictions and observations / A. K. Dunker [et al.] // Pac. Symp. Biocomput. – 1998. – Vol. 3. – P. 473–484.
Uversky, V. N. Why are “natively unfolded” proteins unstructured under physiologic conditions? / V. N. Uversky, J. R. Gillespie, A. L. Fink // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. – 2000. – Vol. 41, N 3. – P. 415–427. doi. org/10.1002/1097-0134(20001115)41:3%3C415::aid-prot130%3E3.3.co;2-z.
Predicting disordered regions from amino acid sequence / E. Garner [et al.] // Genome Informatics. – 1998. – Vol. 9. – P. 201–213.
TOP-IDP-scale: a new amino acid scale measuring propensity for intrinsic disorder / A. Campen [et al.] // Protein and Peptide letters. – 2008. – Vol. 15, N 9. – P. 956–963. doi.org/10.2174/092986608785849164.
Uversky, V. N. A decade and a half of protein intrinsic disorder: biology still waits for physics / V. N. Uversky // Protein Science. – 2013. – Vol. 22, N 6. – P. 693–724. doi.org/10.1002/pro.2261.
Predicting intrinsic disorder from amino acid sequence / Z. Obradovic [et al.] // Proteins: Structure, Function, and Genetics. – 2003. – Vol. 53, N S6. – P. 566–572. doi.org/10.1002/prot.10532.
Uversky, V. N. What does it mean to be natively unfolded? / V. N. Uversky // European Journal of Biochemistry. – 2002. – Vol. 269, N 1. – P. 2–12. doi.org/10.1046/j.0014-2956.2001.02649.x.
Dunker, A. K. The protein trinity – linking function and disorder / A. K. Dunker, Z. Obradovic // Nature Biotechnology. – 2001. – Vol. 19, N 9. – P. 805–806. doi.org/10.1038/nbt0901-805.
Gazumyan, A. Igβ tyrosine residues contribute to the control of B cell receptor signaling by regulating receptor internalization / A. Gazumyan, A. Reichlin, M. C. Nussenzweig // The Journal of Experimental Medicine. – 2006. – Vol. 203, N 7. – P. 1785–1794. doi.org/10.1084/jem.20060221.
Cytoplasmic Igα Serine/Threonines Fine-Tune Igα Tyrosine Phosphorylation and Limit Bone Marrow Plasma Cell Formation / H. C. Patterson [et al.] // The Journal of Immunology. – 2011. – Vol. 187, N 6. – P. 2853–2858. doi.org/10.4049/ jimmunol.1101143.
Immunology / R. A. Goldsby [et al.]. – New York: W. H. Freeman and Company, 2003. – 603 p.
Lanier, L. L. NK cell recognition / L. L. Lanier // Annu. Rev. Immunol. – 2005. – Vol. 23, N 1. – P. 225–274. doi. org/10.1146/annurev.immunol.23.021704.115526.
Structural and functional studies of Igαβ and its assembly with the B cell antigen receptor / S. Radaev [et al.] // Structure. – 2010. – Vol. 18, N 8. – P. 934–943. doi.org/10.1016/j.str.2010.04.019.
Rational improvement of cell-free protein synthesis / A. Pedersen [et al.] // New biotechnology. – 2011. – Vol. 28, N 3. – P. 218–224. doi.org/10.1016/j.nbt.2010.06.015.
NMRPipe: a multidimensional spectral processing system based on UNIX pipes / F. Delaglio [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. – 1995. – Vol. 6, N 3. – P. 277–293. doi.org/10.1007/bf00197809.
Peri, S. GPMAW – a software tool for analyzing proteins and peptides / S. Peri, H. Steen, A. Pandey // Trends in Biochemical Sciences. – 2001. – Vol. 26, N 11. – P. 687–689. doi.org/10.1016/s0968-0004(01)01954-5.
Thermal stability and folding kinetics analysis of disordered protein, securin / H. L. Chu [et al.] // Journal of Thermal Analysis and Calorimetry. – 2014. – Vol. 115, N 3. – P. 2171–2178. doi.org/10.1007/s10973-013-3598-x.
Keller, R. Computer-aided resonance assignment (CARA) / R. Keller, K. Wuthrich. – Cantina, Switzerland: Verlag Goldau, 2004. – 81 p.
Highly efficient NMR assignment of intrinsically disordered proteins: application to B- and T-cell receptor domains / L. Isaksson [et al.] // PloS One. – 2013. – Vol. 8, N 5. – P. e62947. doi.org/10.1371/journal.pone.0062947.
 
Rights Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).