MOLECULAR CHARACTERIZATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS CIRCULATING IN THE URAL REGION, RUSSIA
Medical Immunology
View Archive Info| Field | Value | |
| Title |
MOLECULAR CHARACTERIZATION OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS CIRCULATING IN THE URAL REGION, RUSSIA
МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ УРАЛЬСКОГО РЕГИОНА РОССИИ |
|
| Creator |
T. Umpeleva V.
M. Kravchenko A. N. Eremeeva I. A. Vyazovaya A. O. Narvskaya V. Т. Умпелева В.; ФГБУ Уральский НИИ фтизиопульмонологии МЗ РФ, г. Екатеринбург М. Кравченко А.; ФГБУ Уральский НИИ фтизиопульмонологии МЗ РФ, г. Екатеринбург Н. Еремеева И.; ФГБУ Уральский НИИ фтизиопульмонологии МЗ РФ, г. Екатеринбург А. Вязовая А.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург О. Нарвская В.; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера, Санкт-Петербург |
|
| Subject |
Mycobacterium tuberculosis; genotyping; VNTR; TB-Biochip
Mycobacterium tuberculosis; генотипирование; VNTR; ТБ-Биочип |
|
| Description |
Abstract. Overall 178 Mycobacterium tuberculosis isolates recovered in 2009–2011 from newly diagnosed epidemiologically unlinked to TB patients in the Ural region of Russia have been studied. The absolute concentration method was used for drug susceptibility testing. Mutations katG, inhA and rpoB associated with resistance to isoniazid and rifampicin were detected by microchip technology («TB-Biochip»). The isolates were genotyped by real-time PCR for the detection of Beijing/non-Beijing genotypes and 15-locus MIRU-VNTR typing according to «MIRU-VNTRplus» (http://www.miru-vntrplus.org). More than half (55.1%) of 178 isolates belonged to the Beijing family, 58.7% of them were multiple drug resistant (MDR) mostly due to rpoBSer531→Leu and katGSer315→Thr1 substitutions. Fifty VNTR profiles were found in 98 Beijing isolates; 57 of them grouped into 9 clusters. The largest VNTR cluster included 23 (23.5%) Beijing isolates and 21 of them were MDR. The 80 non-Beijing isolates showed 64 distinct VNTR patterns which belonged to 6 genetic families: LAM, Ural, Haarlem, etc. Among LAM and Ural isolates 30.4% and 28.6% were MDR, respectively. The 5 of 7 MDR LAM isolates had specific mutation profile: rpoBAsp516→Val substitution and mutations katGSer315→Thr1 and inhA_T15. The MDR Ural isolates showed the heterogeneity of mutations in rpoB gene compared to other genotypes. Taken together, these findings suggest the emergence and spread of MDR-TB in the Ural region which is characterized by circulation of MDR strains of different genotypes with the Beijing family genotype to be predominant.
Резюме.Изучено 178 изолятов M. tuberculosis, выделенных в 2009–2011 гг. от впервые выявленных эпидемиологически несвязанных больных в Уральском регионе. Лекарственную чувствительность изолятов определяли культуральным методом и с помощью тест-системы «ТБ-БИОЧИП» для выявления мутаций, ассоциированных с резистентностью к изониазиду (гены katG, inhA) и рифампицину (ген rpoB). Генотипирование изолятов проведено с помощью тест-системы «Амплитуб-Beijing» и метода MIRU-VNTR (15 локусов), согласно «MIRU-VNTRplus» (http://www.miru-vntrplus.org). Доля изолятов группы Beijing составила 55,1% (98 из 178): из них более половины обладали множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ) преимущественно за счет мутаций rpoB Ser531→Leu и katG Ser315→Thr1. У изолятов Beijing выявлено 50 профилей VNTR. Самый крупный из 9 кластеров VNTR включал 23 (23,5%) изолята Beijing. У 80 изолятов nonBeijing выявлено 64 VNTR-профиля шести генетических групп: LAM, Ural, Haarlem и др. Доля мультирезистентных изолятов LAM и Ural составила 30,4 и 28,6% соответственно. Для 5 из 7 МЛУ изолятов LAM было характерно сочетание мутаций rpoBAsp516→Val и katGSer315→Thr1, inhA_T15. МЛУ изоляты Ural были наиболее гетерогенными по спектру мутаций в гене rpoB. Полученные данные свидетельствуют о неблагоприятной эпидемической ситуации по туберкулезу, которая характеризуется распространением мультирезистентных штаммов возбудителя различных генотипов в Уральском регионе. При этом в структуре популяции M. tuberculosis преобладают штаммы генетического семейства Beijing. |
|
| Publisher |
Publishing house of Saint Petersburg Pasteur Institute
|
|
| Contributor |
—
— |
|
| Date |
2014-07-07
|
|
| Type |
info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion — — |
|
| Format |
application/pdf
|
|
| Identifier |
http://iimmun.ru/index.php/iimm/article/view/119
10.15789/2220-7619-2013-1-21-28 |
|
| Source |
Russian Journal of Infection and Immunity; Том 3, № 1 (2013); 21-28
Инфекция и иммунитет; Том 3, № 1 (2013); 21-28 2313-7398 2220-7619 10.15789/2220-7619-2013-1 |
|
| Language |
rus
|
|
| Relation |
http://iimmun.ru/index.php/iimm/article/view/119/118
|
|
| Rights |
Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
|
|