Record Details

BIOINFORMATICS — INSTRUMENT INTERPRETATION PROTEOMIC PROFILES OF MEAT PROTEIN

Theory and practice of meat processing

View Archive Info
 
 
Field Value
 
Title BIOINFORMATICS — INSTRUMENT INTERPRETATION PROTEOMIC PROFILES OF MEAT PROTEIN
БИОИНФОРМАТИКА — ИНСТРУМЕНТ ИНТЕРПРЕТАЦИИ ПРОТЕОМНЫХ ПРОФИЛЕЙ БЕЛКОВ МЯСА
 
Creator N. Vostrikova L.; The V.M. Gorbatov All-Russian Meat Research Institute
I. Chernukha M.; The V.M. Gorbatov All-Russian Meat Research Institute
Н. Вострикова Л.; Всероссийский научно-исследовательский институт мясной промышленности им. В.М. Горбатова
И. Чернуха М.; Всероссийский научно-исследовательский институт мясной промышленности имени В.М. Горбатова
 
Subject bioinformatics; proteomics; protein database; two- dimensional electrophoresis; protein proteomic profile
биоинформатика; протеомика; белки; базы данных; двумерный электрофорез; протеомный профиль белка
 
Description Proteomic technologies have proven very effective for detection in meat products of biochemical changes, such as changes in heat resistant and species-specific proteins that could be relevant bio-markers.In the work presented in this report (for the period of 2013–2016), several tissue-specific proteins were detected in the samples of meat and specially developed meat products using proteomic technologies and identified as individual biomarkers in meat product control.The existence of a large number of different proteins resulted in the need to create information arrays — databases (or banks). Currently, there are a number of general and specialized databases that are available online to anyone interested. When studying protein proteomic profiles, many scientists stop at the stage of two-dimensional electrophoregrams sometimes even without ideas about the future prospects of using modern instruments and bioinformation resources to confirm or refute their hypotheses, and sometimes just to identify. This overview shows the chain of actions that allows going from profiling proteins in the gel to a specific interpretation of the results. Studies in this field have enabled formulating and significantly expanding the approaches to the identification and quantification of protein markers of quality, functionality and safety of meat raw material (detection of falsification) in the finished meat products. Based on the obtained data, the information was systematized using bioinformatics techniques with creation of the unique Atlas «Proteomic profiles of farm animal meat proteins.»
Протеомные технологии оказались весьма эффективными для выявления в  мясных продуктах биохимических изменений, таких как изменения термоустойчивых и видоспецифичных белков, способных стать соответствующими биомаркерами. В работе, представленной в  данном обзоре (в период с 2013–2016 гг), с помощью протеомных технологий в исследуемых образцах мяса и в специально выработанных мясных изделиях, было определено несколько тканеспецифичных белков, которые были определены как индивидуальные биомаркеры при контроле мясных изделий. Существование огромного количества разнообразных белков привело к необходимости создания информационных массивов — баз (или банков) данных. В настоящее время существует множество общих и специализированных баз данных, которые доступны в Интернете каждому желающему. При исследовании протеомных профилей белков, многие ученые останавливаются на этапе получения двумерных электро-фореграмм, не имея порой даже представления о дальнейших перспективах использования современных инструментальных и биоинформационных ресурсов, позволяющих подтвердить или опровергнуть их гипотезы, а порой просто идентифицировать. В данной статье представлена цепочка действий, позволяющих пройти путь от получения профиля белков на геле, до конкретной интерпретации полученного результата. Выполнение исследований в данном направлении позволило сформулировать и  значительно расширить подходы к идентификации и количественному определению белковых маркеров качества, функциональности и безопасности мясного сырья (выявления фальсификации) в готовых мясных продуктах. По полученным данным систематизирована информация с помощью методов биоинформатики, позволившая создать уникальный Атлас «Протеомные профили белков мяса сельскохозяйственных животных».
 
Publisher FGBNU “The V.M. Gorbatov All-Russian Meat Research Institute”
 
Contributor —
—
 
Date 2017-04-04
 
Type info:eu-repo/semantics/article
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
—
 
Format application/pdf
 
Identifier http://www.meatjournal.ru/jour/article/view/43
10.21323/2414-438X-2017-2-1-4-17
 
Source Theory and practice of meat processing; Том 2, № 1 (2017); 4-17
Теория и практика переработки мяса; Том 2, № 1 (2017); 4-17
2414-441X
2414-438X
10.21323/2414-438X-2017-2-1
 
Language rus
 
Relation http://www.meatjournal.ru/jour/article/view/43/52
Электронный ресурс. URL:http://web.expasy.org/docs/ swiss-prot_guideline.html/ UniProtKB/Swiss-Prot/SIB Швейцарский Институт биоинформатики. (дата обращения: 26.10.2016).
Замятнин, А.А. Фрагменты пищевых белков — регуляторные олигопептиды / А.А. Замятнин, О.Л. Воронина // Биохимия. — 2012. –Т. 77. — № 5. — С. 622–632.
Замятнин, А.А. Блистающий мир белков и пептидов / А.А. Замятнин // Биология. — 2002. — № 25. — С. 8–13.
Протеомика — шаг, следующий за геномикой / Антон Иванов, STRF.ru Электронный ресурс.URL: http://old.strf. ru/material.aspx?CatalogId=352&d_no=11979#.WFln3lOLTIU (дата обращения: 26.10.2016)
Sun, H. Proteomic and bioinformatic analysis of differentially expressed proteins in denervated skeletal muscle / H. Sun, J. Qiu, Y. Chen et al. // Int. J. Mol. Med. — 2014. — V. 33. — № 6. — P. 1586–1596.
Weckwerth, W. Metabolomics: an integral technique in systems biology // Bioanalysis. — 2010. — V. 2. — Р. 829–836.
Venter, C.J. The Sequence of the Human Genome / C.J. Venter, M.D. Adams, E.W. Myers et al. // Science. — 2001. — V.291. — P. 1304–1351.
Ковалев, Л.И. Протеомное изучение белков в образцах свинины и выработанных из нее мясных продуктах/Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Ковалева М.А., Иванов А.В., Вострикова Н.Л., Чернуха И.М.// Всё о мясе. — 2013. — №3. — С. 32–34.
Novel markers for tying-up in horses by proteomics analysis of equine muscle biopsies / F.G. Bouwman, M.M van Ginneken, J.H. van der Kolk, E.C. Mariman // Comp BiochemPhysiol Part D Genomics Proteomics. — 2010. — V. 5 — № 2. — Р. 178–183. DOI: 10.1016/j.cbd.2010.03.009.
Shibata, M. Differetional expression of the skeletal muscle proteome in grazed cattle / M. Shibata, K. Matsumoto, M. Oe et al. // J. anim. Sci. — 2009. — V. 87. — № 8. — P. 2700–2708.
The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources / N.L. Anderson, M. Polanski, R. Pieper, et al. // Mol. Cell Proteomics. — 2004. — V. 3. — № 4. — P. 311–326.
Применение протеомных технологий для анализа мышечных белков сельскохозяйственных животных, используемых в мясной промышленности (обзор) / С.С. Шишкин, Л.И. Ковалев, М.А. Ковалева и др. // Прикладная биохимия и микробиология. — 2014. — № 5. — С. 453–465.
Shishkin S.S., Kovaleva M.A., Eryomina L.S., Lisitskaya K.V., Kovalev LI. Proteomic Approaches for the Study of Transgelins as Tumor-associated Proteins and Potential Biomarkers. // Current Proteomics. — 2013. — V. 10. — № 2. — Р. 165–178.
 
Rights Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).